生物学では、
生物地理の観点から九州から台湾間の弧状列島、つまり大隅諸島から
八重山諸島まで島々を琉球列島と定義し、この場合も大東諸島及び尖閣諸島を含めない
[琉球大学21世紀COEプログラム編集委員会編 『美ら島の自然史-サンゴ礁島嶼系の生物多様性』 東海大学出版会、2006年、ISBN 4-486-01731-5。]。一方
植物相などでは、大東諸島及び尖閣諸島も含める場合もある
[初島住彦・天野鉄夫 『増補訂正 琉球植物目録』 沖縄生物学会、1994年、ISBN 4-900804-02-9。ただし、最北は奄美諸島としている。][島袋敬一編著 『琉球列島維管束植物集覧【改訂版】』 九州大学出版会、1997年、ISBN 4-87378-522-7。]