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日本の独立行政法人一覧は、独立行政法人を列挙したもので所管する省庁別にまとめたものである。

独立行政法人の役職員を国家公務員とするいわゆる公務員型のものの種別を特定独立行政法人という。その他のいわゆる非公務員型のものには種別名称がないので特定独立行政法人以外の独立行政法人と呼んでいる。公務員型から非公務員型への移行が逐次進められている。

なお、独立行政法人の各法人の正式名称中には「独立行政法人」の字句を含まなければならないこととされている。

◆ 内閣府所管

;特定独立行政法人

・独立行政法人国立公文書館

;特定独立行政法人以外の独立行政法人

・独立行政法人国民生活センター

・独立行政法人北方領土問題対策協会

・独立行政法人沖縄科学技術研究基盤整備機構

◆ 総務省所管

;特定独立行政法人

・独立行政法人統計センター

;特定独立行政法人以外の独立行政法人

・独立行政法人情報通信研究機構

・独立行政法人平和祈念事業特別基金

・独立行政法人郵便貯金・簡易生命保険管理機構

◆ 外務省所管

;特定独立行政法人

:なし

;特定独立行政法人以外の独立行政法人

・独立行政法人国際協力機構

・独立行政法人国際交流基金

◆ 財務省所管

;特定独立行政法人

・独立行政法人造幣局

・独立行政法人国立印刷局

;特定独立行政法人以外の独立行政法人

・独立行政法人酒類総合研究所

・独立行政法人日本万国博覧会記念機構(廃止の予定)

・独立行政法人住宅金融支援機構(所管省庁は国土交通省及び財務省)

◆ 文部科学省所管

;特定独立行政法人

:なし

;特定独立行政法人以外の独立行政法人

・独立行政法人国立特別支援教育総合研究所

・独立行政法人大学入試センター

・独立行政法人国立青少年教育振興機構

・独立行政法人国立女性教育会館

・独立行政法人国立国語研究所

  ・2009年10月1日廃止し、大学共同利用機関法人人間文化研究機構が設置する研究機関に移行の予定。

・独立行政法人国立美術館

・独立行政法人国立文化財機構

・独立行政法人国立科学博物館

・独立行政法人教員研修センター

・独立行政法人科学技術振興機構

・独立行政法人日本学術振興会

・独立行政法人理化学研究所

・独立行政法人宇宙航空研究開発機構

・独立行政法人日本スポーツ振興センター

・独立行政法人日本芸術文化振興会

・独立行政法人日本学生支援機構

・独立行政法人物質・材料研究機構

・独立行政法人防災科学技術研究所

・独立行政法人放射線医学総合研究所

・独立行政法人海洋研究開発機構

・独立行政法人国立高等専門学校機構

・独立行政法人大学評価・学位授与機構

・独立行政法人国立大学財務・経営センター

・独立行政法人日本原子力研究開発機構

◆ 厚生労働省所管

;特定独立行政法人

・独立行政法人国立病院機構

;特定独立行政法人以外の独立行政法人

・独立行政法人国立健康・栄養研究所

・独立行政法人労働安全衛生総合研究所

・独立行政法人勤労者退職金共済機構

・独立行政法人高齢・障害者雇用支援機構

・独立行政法人福祉医療機構

・独立行政法人国立重度知的障害者総合施設のぞみの園

・独立行政法人労働政策研究・研修機構

・独立行政法人雇用・能力開発機構

・独立行政法人労働者健康福祉機構

・独立行政法人医薬品医療機器総合機構

・独立行政法人医薬基盤研究所

・独立行政法人年金・健康保険福祉施設整理機構

・年金積立金管理運用独立行政法人

;設立予定の特定独立行政法人以外の独立行政法人

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