しかし環境問題ではデュポン社の製品が問題になったことがある。例えばテフロン製造に伴い使用される
ペルフルオロオクタン酸 (C-8) の健康への危険性(発がん性など)を隠して作業員などに健康被害を起こしたことで合衆国の環境保護庁 (EPA) に訴訟を起こされた。また、ゼネラルモーターズとともに
フロン類(クロロフルオロカーボン、CFC)の発明・製造を行い、長年にわたって市場シェアの多くを占めてきた。
オゾン層破壊と
温室効果が問題になった
1980年代末になってデュポンはCFCの製造販売からの段階的退出を表明したが、
1990年代半ばまで製造を続けていた。その後はハイドロクロロフルオロカーボン (HCFC)、ハイドロフルオロカーボン (HFC) などの
代替フロン開発を進めCFCからの置き換えのリーダーシップをとっているが、HCFCやHFCにも高い温室効果があることが問題視されている。