シュメール語と同系統と考えられる言語はこれまでのところ発見されていない。シュメール語圏には
セム語を話す人々が混住していたが、セム語との系統関係は認められない。近年
エラム語とシュメール語の系統関係の存在を主張する者もいるが、両言語の関係を示す証拠はほとんど無く学会では受け入れられていない。一般には系統不明とされる。
シュメール語が使用されていた時代には専ら
楔形文字で表記された。最も古い文書の中にはまだ楔形の形態を取らない
絵文字(古拙文字)で表記されたものも存在する。現代では研究を容易にするためにアルファベットを用いて音訳表記もなされる。ただしシュメール語では
同音異義語(同音異字)が多く存在するため、アルファベット表記にした際に判別が困難になる問題があり、数字を付加することで対応している。(例えば
du「行く」、
du3「建てる」。duの異義語は20を超える。)